万历听那张四维的话，表面上说得似乎很有道理，但仔细一想就明白了，他其实是在偷换概念，开课税司收的是商税，不是田赋，怎么全算在百姓头上呢？况且还说到会使民心不安，也太过牵强了点。
万历看着张四维，发现他并不抬头看着自己，只是默默低头等着回话……万历心中突然明白了点什么，正要说话，却见右都御使王世贞出了列，举笏说道：
“皇上，我朝开朝以来，颠覆祖制甚多，此商税之举，历朝历代都没有过，微臣以为，事宜从缓，不可从急，重开课税司一事，万万急不得啊皇上。”
“皇上，”吏部右侍郎张瀚也站了出来，奏道：“重开课税司，需要增设官衙和官吏，势必劳民伤财，微臣也认为，不可草率行事……”
王世贞和张瀚的意思比张四维更明显，就是坚决不同意开课税司，万历惊讶地看到大臣们措辞如此激烈，张四维等三人都是嘉靖中年进士，三朝老臣，德高望重，现在他们一起反对，自己还想开课税司的话，必须要找个足以于他们对抗的大臣才行。
万历第一时间看向申时行，申时行知道了皇上的意思，迟疑了一下，奏道：“皇上，张尚书等人所言不无道理，此事的确不可急于一时，但赋税乃国之根本，也不可置之不理，微臣觉得，可在每年的官员考核中，加重有关税额的规定，提高审查标准，如此一来，应可遏制住税额不足之风。”
“申大学士此言差矣，”王士贞说道：“国之根本应是田赋，而不是商税，商人自古都是末业，影响甚微，不足以补社稷之用，前两年商税逾百万，微臣认为，不过是杀鸡取卵之举，实不足取。”
万历一听到这话，心里就如同明镜一般了，从刚才张四维反对开始，王士贞，张瀚等人也极力反对，现在又抬出商人不入流的老道理出来，原因只有一个：他们是商人利益的代表，新政的反对者。
张居正回乡三个月后的今天，他们总算是浮出水面了。现在只是三个大臣，而他们背后又不知道有多少人……自己该怎么对付他们呢，万历思索了一下，很快想出了一条将计就计的办法来。
万历装出惊疑的表情，说道：“王爱卿所言，为何张大学士从未与朕提及？”
王士贞心中暗喜，回道：“皇上，张大学士家在荆州，地处中原，可能对商人感触不深，实际上在江南除了盐商、茶商外，其他商人获利微薄，如果每到一地，都要缴税，这样下去，怕很少有人负担得起。而盐业、茶业历经数百年，已经与商税自成一体，是相辅相成的关系。如今蒙圣上厚恩，我朝商人已经提高了地位，各类商种也得以发展，但毕竟刚起步数年，此时若收重税，只恐令他们畏步不前。所以微臣认为，广收商税，实是杀鸡取卵之举。”
万历思虑道：“爱卿说的也有些道理，但这收取商税是新政之一，是张大学士的心血，如今他不在朝中，不宜妄动，此事以后再议吧。诸位爱卿可还有要事要奏？”
万历看没有人再发表看法了，正要宣布退朝，一个声音说道：“陛下，臣有事要奏。”
丹陛下，左边大臣中走出一人，正是工部右侍郎潘季驯，他手捧一张奏折，说道：“皇上，臣治理黄河多年，颇有些心得，现有全面治理黄河、淮河以及漕运的方法，已全写在这奏章中，请皇上过目。”
现在是初春，各地没有水患，所以潘季驯仍在京中，万历四年，因潘季驯治水有功，万历把他从工部都水清吏司郎中提为工部右侍郎，总理天下江河漕运。现在看他已经有了全面治水的方案，万历喜道：“快呈上来。”
接过太监转呈上来的奏章，万历一看标题，是《两河经略疏》，再翻开折子，竟然有数百言，他知道一时半会是看不完了，说道：“潘爱卿午后到乾清宫来见朕吧，时候不早了，退朝！”
……
万历用过午膳，仔细地看了那《两河经略疏》，发现两河指的是黄河和淮河，也是水患最频繁的两条河流。潘季驯提出了六条主要措施：“塞决口以挽正河”、“复闸坝以防外河”，“创滚水坝以固堤岸”，“止浚海工程以省糜费”，“寝开老黄河之议以仍利涉”，就治理黄河、淮河下游以及整治运河做了全面规划。
跟万历记忆中的一样，潘季驯治河的特殊之处仍是以下几种：一，反对前人“多枝分流”的做法，反对开新河，他认为那样是无谓的浪费，而是主张修浚黄河本身的故道；二,河水宜疏不宜堵，他主张“导河归海”、“束水攻沙”，利用黄河水的冲力来冲刷河床，一反前人高筑提岸的做法；三，“蓄清刷黄”，具体的做法是在淮河与黄河相接的洪泽湖口筑起大坝，蓄淮河之“清”水，刷黄河之“黄”水，使黄河河水不能倒灌入淮河……
其中，“束水攻沙”能有效的清理黄河河床，而且所费朝廷银两甚少，只需要在中游筑二三个大坝即可，比之以往在黄河全线高筑河提，不知道省了多少银两；
而“蓄清刷黄”意义更是巨大，众所周知，明朝的京城设在北京，临近北方边境，有“天子戎边”之意，但北京当时却不是全国水运枢纽，中原、江南等地的税赋、盐粮、贡品要运往京城，全部都要通过京杭大运河，俗称“漕运”。但是，随着黄河水患不断，人们把河堤筑得越来越高，黄河的水位也就越来越高，水患一来，黄河水就倒流到淮河中，明朝开朝以来，黄河水“夺淮”竟有百次之多。黄河的黄沙不断地侵入于淮河相连的京杭大运河中，造成京杭大运河河床抬高，不断淤塞，全国物资不能按时运往京城，给朝廷带来了经济命脉的威胁。
万历知道，这“蓄清刷黄”如果成功，淮河水患就会随之消除，以后京杭大运河水位升高，大船也就可以通行，在灾年或者战事发生的时候，南北物资的顺畅流通意味着什么，万历非常清楚。
不一会儿，太监传讯，潘季驯已经到了，万历传了他进来。
“微臣参见皇上。”
万历看着跪在眼前的潘季驯，看他已经年近六十，两鬓苍白，黑膛的脸色，上面皱纹沟壑纵深，分明是长期在户外风吹日晒之故。万历心存怜惜，忙起身绕过书桌，亲手扶潘季驯起来，说道：“潘卿家免礼。”
潘季驯抬头看了一眼皇上，看到皇帝年轻的脸庞，关切的眼神，他心头一暖，但臣子毕竟不能盯着皇上看，他马上又低下头，说道：“谢皇上。皇上，不知可看过微臣的奏章？”
“朕已经仔细看过了，潘爱卿治水有道，这次的两河治理方案，朕十分赞同，只是不知具体要起多少工程，费多少银两，时间又要花多久呢？”
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