自隆庆六年以来，全国施行丈量土地，清查出田亩总数为七亿九千二百多万亩，比嘉靖末年多出了十之七八，已经快赶上洪武年间的田亩数目了。虽然万历知道，这近二百年下来，全国实际田亩数只可能比洪武时期多，不可能反而变少，但是土地兼并已经积重难返了，能查出这么多花分诡寄的“暗田”，也是得益于张居正的雷霆手段。
除了隆庆六年的黄河水患外，万历登基这几年，各地并没有发生特别大的天灾，加上“一条鞭法”的实施，官员们措手不及，还没有钻太多的空子。天灾少了，官府贪的银两少了，百姓的负担就大大减轻，自力更生也就没有问题，所以土地兼并被暂时抑制住了。
田亩一多，赋税自然就多了起来，万历二年比之隆庆六年多了三十多万两，万历五年又比万历二年再增二十多万两，田赋的总数达到三百一十万两，占了全部赋税的三分之二，剩下的三分之一，则是商税，一共一百七十万两。
万历知道，这个时期的明朝，工商业已经取得了长足的发展，再加上新政的实施，朝廷鼓励民间经商开矿，从此，粮、棉、生丝、蔗糖、烟草、绸缎、棉布、纸张、染料、油料、木材、铜器、瓷器等等都成为重要的商品而投入市场，甚至因为万历大开海禁，很多手工业产品行销海外，较之此前，商品经济已大为活跃。
除了南北两京之外，东南沿海、运河两岸和江南都有一些工商业城镇兴起，而江南苏、松、杭、嘉、湖五府，更是工商业荟萃之地。这时期，白银逐渐成为通货，钱庄也于这时出现，并成为独立的行业。
欣欣向荣的工商业给朝廷带来了巨额的商税，隆庆以前，从来不把地位卑微的商人当一回事，商税只包括市肆门摊，钞关，工关等，加上传统的盐税、茶税、酒税，总额最多二十几万两。
万历新政之后，除了五谷、农具、书籍、纸扎、百姓婚娶丧祭之物外，其他各种在市面上流通的东西，都要收取商税，如店税、布税、矿税、生丝税、烟草税等，各二十取一至三十取一不等。
万历知道，田赋大多来自于没田的佃农和少田的贫民，而这商税收取的对象，则多是一些富贾商豪，其中尤以江南为甚，收这些人的税，万历和张居正可不会手软。从收商税以来，商税成为了全国赋税增长的主要部分，比之隆庆年间，多了一百多万两。
刚才听到户部尚书王国光说今年赋税已收齐，万历心中大为欢喜，这每年一次看着赋税增长，是万历的一大享受：看着这个偌大的国家在自己手上日益富强，那种巨大的成就感真的是无法用言语来表达。
万历手拿奏折，忍不住质问王国光。原本以为今年赋税应该突破五百万两大关了，岂料竟比上一年还少十万两，万历一时有些接受不了。
百官们面面相觑了一会，还是申时行先说道：“皇上，自古税银有增有长，也是正常的现象，况且这赋税已比前朝多了一半有余……”
王国光也适时说道：“皇上，前年长江水患，的确免了三府的税银，但去年虽没有天灾，却为了修缮长江水利，动用了地方库银，所以回补之后，税银略有减少。”
去年修水利的事万历也还记得，当下也不再问，又细细地看了看，发现商税跟前年一样，依然只收了十之五六，他问道：“江南商税也是年年增长，为何今年停步不前？”
王国光回道：“回皇上，很多商税都是第一次征收，官员、商人对此不熟悉，加上名目繁多，难免有所疏漏……”
万历心中暗道：少收了一半也叫“有所疏漏”？每年年末，张居正都要借考成之机，对收税不利的地方官员进行惩治，所以商税也一年年地多起来。现在张居正回乡丁忧，那些官员大概以为可以松一口气了，因此收税并不积极。
今年已经是万历六年，自元年大开海禁以来，免了五年的海税，也就是市舶税，即将开始征收，万历就算再不熟悉历史，也应该知道，这市舶税是多么大的一笔财富，难道依然要像这商税一样，任凭地方官员们吊儿郎当，只收一半？
国库没有了钱，就很难办好事情，就不可能广积粮、修水利、整饬军备……万历想到即将到来的灾年，想到北方的蒙古、东边的倭寇、欧洲的“南夷”……到时候，大明没有了财力，该如何面对这内忧外患？万历看着丹陛下的文武百官，心头突然涌起一股怒气，心想难道张居正不在朝中了，朕就管不了国事了吗？
“诸位爱卿，既然地方官员收税不利，就理应一一惩治，依你们之见，应当如何惩治比较妥当？”
百官们听到皇上说了这话，都是一惊，历来明朝皇帝都非常在意名声，皇上要对臣子降罪，一般都要假借言官和大学士之手，“黑锅”让别人背，如今皇上居然亲口说要惩治，而且还是全国收税不利的官员，牵涉之大，不能不让百官惊异。
“皇上，”申时行站了出来，他知道自己身为次辅，现在张居正不在，这个时候他就应该站出来说话了：“微臣斗胆直言，新税牵涉甚多，名目繁杂，负责收税的又都是地方县衙、府衙官员，近年来朝廷已经大大削减了徭役，官员们没有了民间差役可驱使，所以他们日常事务繁重，收税之事忙不过来，加上商人们百般避税……微臣以为，税收不足，亦是情有可原，望皇上明鉴。”
吏部尚书张四维、户部侍郎李幼孜等人也出了列，纷纷发言附和。
万历静静地听着他们说完，发现再没有大臣上奏了，整个朝堂鸦雀无声，只等着自己这个皇帝说话。朝中大臣居然都是一个意思，没人同意要严办收税不利的官员，这多少让他有些惊讶：难道这个国家机器，自己真的运转不起来？
万历凝了凝神，仔细思索了一下申时行的话，发现了一个问题，他问道：“申爱卿，你说地方官员事务繁重，所以收税不利，既然是这样，那朕专门设一个收税的部门如何？”
申时行疑问道：“皇上可是说太祖时期的税课司？”
“怎么，前朝已有先例？”万历有些奇怪。
“回皇上，是的，太祖曾在全国各府设税课司，各县则设税课局，专门负责收取工商税，后来因为商税太少，太祖皇帝觉得没有继续开设的必要，就一一裁减，改由州、府、县等衙门官员直接征税。”
“既如此，那朕就援前朝先例，重开税课司，诸位爱卿以为如何？”
文武百官们又一次面面相觑，重开税课司，兹事体大，一时之间没人出来说话。过了一会，吏部尚书张四维突然走出列，奏道：“皇上，微臣认为，不宜重开课税司……”
“张爱卿可是有什么见解？”万历问道。
“皇上，当年太祖皇帝刚刚取得天下，为了不重蹈元朝覆辙，从此轻徭薄赋，与民生息，所以才会取消课税司。如果皇上现在重开课税司，恐怕百姓心有所悸，以为朝廷又要开重税，以致民心不安。微臣以为，百姓不知皇上本意，重开课税，实为下策。”
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