崇祯皇帝也是对东林有些不满，心说你们东林要为熊廷弼翻案不是不行，但是你们不能这么翻案啊，东林这是要一竿子打翻一船人啊，这能行吗在朝廷需要的是稳定，不要动荡，要团结，不要分裂。
于是崇祯制止了两派激烈的辩论，说当时朝廷在在追究丢失广宁之罪的时候，处死熊廷弼而流放了王化贞，过矣。不过熊廷弼在辽东任上还是有所建树的，还是有功劳的，这样吧，就把熊廷弼的头颅交还个熊廷弼的子孙，厚葬熊廷弼，在给熊廷弼的子孙一些补偿吧。
崇祯皇帝这话一说来，既得利益集团肯定是高兴啊，不牵连人啊。东林就不干了，东林就要是要凭借熊廷弼的案子打击既得利益集团啊，所以皇上的这番话在东林看来就是明显的偏袒既得利益集团。
于是东林官员出列谏言，说当时熹宗皇帝受到阉党的蒙蔽，所以熊廷弼虽贵为辽东经略，但是辽东的兵马却全被巡抚王化贞所掌握。而王化贞识人不明，致使叛将孙得功把持广宁防务，并向建酋投降。
所以丢失广宁的主要责任应该由王化贞负责，而熊廷弼爱接到广宁有失的消息后，不畏艰险，带领麾下五千兵马，接应王化贞，为了不让关外百万军民不受建酋荼毒，毅然率领关外军民一体撤出关外，这是有功的，朝廷应该奖赏啊。
既得利益集团听到东林这样的说辞，都气乐了，本以为自己够无耻了，没有想到东林比我们还无耻，瞧瞧人家那话说的，熊廷弼丢失河西广大地区是为了河西民众，这样的行为不应处罚还要奖赏。厉害啊。
东林说完这些话以后，他们子自己都觉得脸红，这纯粹是狡辩啊过东林没有办法啊，这么难得的机会，在不抓住就可惜了。所以东林也顾不得难为情了，洋洋洒洒一番话，愣是把黑的说成白的。
既得利益集团当然不能容忍东林这种行为，所以既得利益集团展开新一轮的反击，说熊廷弼既然担任辽东经略这一要职，就应该明白守土有责。王化贞是丢了广宁，可是熊廷弼却丢失了整个河西地区。
两派再次陷入激烈的争吵当中。内阁中的韩犷、李标、刘鸿训等看到这种情景，赶忙出来和稀泥。韩犷等人明白，皇上既然已经出面协调了，那双方就应该给皇上面子，罢兵和谈，可是东林太不给皇上面子了，皇上要是生气了，后果是很严重的。
对于像熊廷弼一案，算是陷入了僵局，东林不依不饶，既得利益集团寸步不让，而皇上太俗暧昧。这下可苦了内阁了，双方都有人马在内阁，虽然东林的人比较的多，内阁辅也可以借着他的权利强行的为熊廷弼翻案。
不过皇上的心思实在让人琢磨不透，说皇上是偏向东林，听皇上的话不像；说皇上偏向既得利益集团，也不像。这就让人难办了。皇上已经表示过对东林的不喜，所以韩犷不可能明显的偏向东林。否则他的辅是当到头了。
于是大家讨价还价，在皇帝的基调之上，平反的熊廷弼的冤案。丢失广宁确实不是熊廷弼的责任，此事应该有王化贞负主要责任，不过鉴于王化贞年岁过大，在者也在外边流放那么多年，为了体现皇上的仁慈，就然王化贞在外边呆着吧。
虽然熊廷弼早丢失广宁一事上不负主要责任，但是熊廷弼却未战先逃，丢失河西地区，致使京畿震动，不过熊廷弼在撤退时能够掩护百万民众退入山海关，避免了生灵的荼毒，再加上熊廷弼在前两次两栋任上的优秀表现，朝廷还是要给予表彰的。
于是朝廷最后给熊廷弼的定论是熊廷弼有功有过，熊廷弼大人在万历三十六年以及万历四十七年出任辽东最高长官的时候，稳定了辽东局势，迫使建酋不敢进犯辽东，为朝廷最初卓越的贡献。
不过熊廷弼在天启元年出任辽东经略的时候，因为经抚不和，在原辽东巡抚王化贞丢失广宁之后，虽然提兵救援，但是未能在河西诸堡垒组织抵抗，而是擅自放弃河西地区。只是朝廷丢失河西广大地区。
所以朝廷决定许其子持头归葬，谥襄愍。并且朝廷决定在江夏修贤乡建享堂，于纸坊广坊岭修祠墓，以纪念熊廷弼。这个结果虽然不是那么的太尽如人意，不过朝廷至少为熊廷弼翻案了，还是可以接受的。
朝廷再次下诏，表彰在天启元年在广宁战场上与后金英勇作战，以身殉职的各级文武官员，比如在西平力战而亡的参将黑云鹤、副总兵罗一贯、总兵祁秉忠等忠勇将士。同时朝廷还表彰了不愿随熊廷弼后撤，在松山自缢的兵备道参政高帮佐等官员。
东林看到借着熊廷弼一案扳倒既得利益集团的目的是不可能实现了，但是东林中有和熊廷弼交好的官员趁机提出，有的官员在查抄熊廷弼府第时，为了讨好阉党，竟然迫害熊廷弼的家人，当众鞭打熊廷弼的妻儿。
这些官员说的正是时任江夏知县的王尔玉，此人为了讨好阉党，竟然“去其两婢衣，垯四十”，当地官员和民众对对王尔玉咬牙切齿。于是和熊廷弼交好的官员趁势提出要求惩治王尔玉。
崇祯没听过这个官员的名字，向这也不是什么重要的人物，也为了抚慰东林官员，所以就同意了处置王尔玉的要求。
一场争论下来，双方基本上可以说是平手。东林虽然说势力庞大，但是论政治争斗，还真不是既得利益集团的对手，在加上皇上暗地里的打压，所以东林并没有取得辉煌的战果。
反观既得利益集团，虽然他们实力不如以往，但是这帮家伙纵横官场几十年，论斗争经验，论看风向的能力，那是东林所万万赶不上的。他们明白自己只能依靠皇上来抗衡东林。
所以这帮家伙费劲了心思要揣摩皇上的意思。朝廷财政困难，皇上为此伤透了脑筋，于是既得利益集团就开始想办法增加朝廷收入，有限的官绅一体纳粮确实是好办法，但是这帮人敢提吗。
提出来就是与整个士绅阶层对抗啊，所以他们只能另想办法。至于朝廷在西北实行这项政策，那是朝廷实在是没有办法了，要在全国实行，那还不翻天了。于是这些人开始想起它的办法，盐政专卖是朝廷收入的一大来源，所以这些人开始打盐政的主意。
于是在熊廷弼案过后几天，既得利益集团拿出了一揽子改革盐政的方案，要求朝廷实行，其实朝廷在万历四十五年就改革过盐政，废除官仓改盐法，令商、灶直接交易，改场灶实物税为货币税。
但是到了天启时期，这项制度就有些崩坏了，所以为了增加朝廷收入，改革盐政就是一条捷径。并且温体仁等人还写奏章，要求朝廷重新开放山东、江苏的市舶司，开通海贸，以增加朝廷的收入。