崇祯皇帝一看到袁崇焕的奏章，和内阁票拟的意见，想了想，还是批准了内阁的意见时崇祯也在思考，到底袁崇焕还是不能忍受毛文龙啊，不过袁崇焕比毛文龙重要多了，至少崇祯是这么认为的，所以崇祯在袁崇焕和毛文龙两人中，理所当然的放弃了毛文龙。
既然皇上批准了内阁的意见，于是内阁草拟圣旨，加盖玉玺有，由行人司快马加鞭的送到广宁了。虽然毛文龙一事有了结果，但是钱谦益与孙慎行可是不甘寂寞，他们俩上窜下跳，联络同志，要为熊廷弼翻案。
温体仁和周延儒不可能眼睁睁的看着东林在台上唱戏，于是他们也开始联络既得利益的官僚大臣们，他们知道，他们一帮人谁都不干净，一些人还和熊廷弼一案有很多关联，东林要是翻案的话，他们都要倒大霉的。
于是在朝会上，御史中东林一脉的人员开始为熊廷弼喊冤，要求朝廷为熊廷弼正名。这些御史在崇祯二年清理冤案的时候也曾经提出过要为熊廷弼正名，不过那时朝廷事务繁多，这案子也就脱下来了。
这些人在这时候又重新提出翻案的请求，而且他们又拿出了许多的证据，证明熊廷弼是遭阉党陷害的，足见东林这次是准备充分啊。可是温体仁他们能眼睁睁的看着东林为熊廷弼翻案，进而打击自己吗？
于是既得利益集团的成员，闽洪学出列反驳，说熊廷弼当时是辽东的最高军政长官，丢失广宁，他罪责难逃，再说，熊廷弼在关押期间，通过内阁中书汪文言，行贿与杨涟、左光斗等六人，这是有案可查的。
其实在丢失广宁之后，熊廷弼与王化贞同时被革职，尤其是熊廷弼一案从天启二年一直调查到天启五年，时间长达三年多的时间，其中还夹杂这阉党与东林殊死搏斗，所以内情复杂，其中牵扯很多人。
熊廷弼在遭关押期间，确实通过内阁中书汪文言先人行贿，不过那人是魏忠贤，不是杨涟、左光斗等六人时熊廷弼为求活路，通过汪文言向魏忠贤求情，愿意送魏忠贤四万两白银以求活命，当时魏忠贤也是答应熊廷弼了。
不过熊廷弼他不是贪官，也不是巨富，一时间凑不齐这么多的银两，魏忠贤就认为熊廷弼是耍他，再加上熊廷弼与东林关系一向很好，所以魏忠贤就想通过熊廷弼一案将东林从朝堂上抹去。
于是熊廷弼被处死，并且传九边，进而魏忠贤又逮捕了汪文言，对其进行严刑拷打，要他诬陷杨涟、左光斗等六人。汪文言宁死不屈，不过胳膊终究拧不过大腿，但参与审理此案的徐大化等人还是弄到了汪文言的“口供画押”，然后据此上奏熹宗。
因为闽洪学有汪文言的“口供”，所以闽洪学也是非常的理直气壮。东林一脉看到“阉党”余孽竟然又开始对杨涟、左光斗等六位波脏水，那哪行啊，于是东林集中火力开始对闽洪学进行批判，说闽洪学胆大妄为，我们敬爱的，至高无上的皇帝陛下已经为杨涟、左光斗等六位正明了，那里容得你们这些阉党余孽往这些斗士身上泼脏水？
温体仁那方也不甘示弱，钱向坤出列反驳东林，说皇上确实为杨涟、左光斗等六位正名了，他们六位也确实是好官僚，可是人无完人啊，谁又能保证这六位没有因为和熊廷弼的私人关系而收受他的贿赂，进而为熊廷弼说项啊。
同时钱向坤又说，熊廷弼当时是辽东经略，王化贞是辽东巡抚，广宁之失两个人都有责任，就算丢失广宁王化贞要负主要的责任，但是熊廷弼在王化贞丢失广宁之后，竟然不战而逃，丢失了山海关以东的大片河山，所以熊廷弼死有余辜。
钱向坤的话仿佛为他们的那个集团的人马打开了一扇窗户，于是闽洪学等人不在提熊廷弼行贿一事，而是集中火力攻击熊廷弼不战而逃的事情上，说定熊廷弼死罪是合乎律法的，东林不应该为熊廷弼翻案。
当时阉党给熊廷弼定的罪是：失陷广宁、贪赃纳贿。所以东林官员们在这两个罪名上做文章，说失陷广宁是王化贞的责任，至于贪赃纳贿则是阉党的诬陷之词，不足为信。至于说熊廷弼擅自放弃河西大片土地，是因为后金军力强大，熊廷弼没有足够的兵马与之相抗衡。
温体仁、周延儒和闽洪学、钱向坤对东林的说法嗤之以鼻。周延儒说，丢失广宁以后，辽东还有三万余官兵，锦州凌河、宁远、前屯等诸多城堡还在朝廷之手，而熊廷弼大人竟然不组织抵抗，却擅自放弃河西大片领土，罪莫大焉啊。
东林也知道，熊廷弼擅自放弃河西，退守山海关确实是失误了，而熊廷弼也应该负责，可是这个熊廷弼毕竟和东林有密切的关系，再说，东林也想凭借这这个事打击既得利益集团，所以东林硬着头皮在那里为熊廷弼辩护。
温体仁怪声怪气的说道：想当初袁崇焕大人率领不到两万的孤军，在宁远城与建酋激烈的交战，毙伤建酋领努尔哈赤。而熊廷弼大人驰骋辽东多年，却不敢率领数万辽军在锦州凌河、宁远、前屯等诸多城堡与建酋决一死战，何其怪哉？
温体仁这番话把东林呛得够呛啊，事实如此啊，想当初熊廷弼要是在锦州凌河、宁远、前屯等城堡与后金血战，纵然是战死，也不会祸及家人；可是熊廷弼他没有率军死战，而是让军民一体撤到山海关以西，熊廷弼这么做，确实不妥。
东林想反驳温体仁，他们还真不好反驳，于是东林就说，熊廷弼是对丢失广宁有责任，但是王化贞就没有责任吗？丢失广宁的主要责任应该由王化贞负，要不是王化贞布置失当，不听熊廷弼的，广宁也不至于丢失。
所以丢失广宁的责任光由熊廷弼背行吗，合理吗？再说，熊廷弼三次到辽东任职，对朝廷有多大的贡献。即使追究丢失广宁的责任，判熊廷弼的罪，不是还有八议吗，在怎么说也不至于判熊廷弼死罪吧。
所谓八议就是，议亲、议故、议贤、议能、议功、议贵、议勤、议宾。熊廷弼在前两次辽东任职期间，在辽东整修武备，制定官制，有效的抵御了后金的侵袭，这是功，是贤，是能啊。所以你们怎么能判熊廷弼死刑，而放过王化贞啊？
东林抓住这点，猛烈的抨击既得利益集团，并且要求重审熊廷弼一案，对有关玩忽职守的官员进行调查，惩处。既得利益集团看到东林露出了獠牙，他们那能坐得住啊。
重审熊廷弼一案没有什么，不过要处理审理熊廷弼一案时的有关官员，那就不行了，那是正式阉党和东林斗争的关键时期，是官员们站队的时期，站错了对不仅身家性命难保，还要祸及子孙。
所以当时的的官员们，有的沉默不语，有的为熊廷弼喊冤，有的助纣为虐，还有的辞职回乡。而助纣为虐的官员们不少都是高级官员，有的现在还朝廷任职。所要追究责任的话，先就是那帮助纣为虐的人跑不了。
既得利益集团都是从天启朝过来，有的在熊廷弼一案时，就曾经助纣为虐，他们心里那个气啊，都心说你们东林这要是干什么啊，许多的重要职位都是你们的人，或者是倾向于你们的人在任职，你们还想要什么，难道要把我们赶尽杀绝吗？
东林正事抱着这个心态，要把朝中那些非东林的，全部赶出朝廷，因为就我们东林是一心为朝廷的，其他的都是邪党，都不配站在这朝堂之上。
东林的这种态度引起了很多大臣，包括那些和东林交集不多，但还是能一心为公的中立派大臣的反感。他们都觉得东林太霸道了，做事有些过了。所以说，东林的那些政敌，都是自己树立起来的，跟别人都没有关系，纯粹是东林自己没事找事。