虽然说主要官员选拔完毕，但是朝廷改组市舶司还是面临很多问题的朝在东南沿海设立了浙江、福建与广东三司，东南沿海这三司设提举一人，从五品；副提举两人，从六品；属下吏目一人，从九品。而提举，或者是特派，或者由该省的按察使和盐课提举司提举兼任。
所以，按照现行体制的话，浙江、福建与广东的市舶司是隶属于该省的布政使管辖，所以税收大权完全掌握在该省的布政使等地方高级长官的手里。虽然在万历皇帝时期，朝廷对浙江、福建与广东的市舶司进行了一些改革，采取了定额包税制，才由提举负责收税，但是，浙江、福建与广东的市舶司还是由地方掌控。
在明代想要当官，是要历经一条艰难曲折的道路的；想要当官，先就要通过“童试”也叫小考、小试。通过“童试”之后，成绩合格的取得“生员”资格的，也就是俗称的秀才，就分别前往府学学习。这是踏入仕途的起点。
进入府学学习后，再由各省的提学官进行岁考和科考两级考试，按成绩分为六等，名列一、二等，才取得“乡试”的资格，称科举生员。通过“乡试”、“会试”、“殿试”三级考试之后，才能踏入仕途，光耀门楣。
俗话说“十年寒窗”，这一路走来，只怕是不止十年啊。好不容易踏入仕途了，光宗耀祖了，可是官员的俸禄极低，只能勉强够养家糊口的。
虽然官员们读了多年的圣贤书，但是他们终归不是圣人，官员们也是人，官员们也要生活，也要排场。但是俸禄不够，怎么办，只能通过合法的、半合法的和不合法的手段来增加自己的收入。
江南的官员，尤其是江浙、闽粤的官员的日子比其它地方官员的日子好过，不光因为江南的民富，也是因为这些地方的官员能从海贸中分一杯羹以他们的生活很滋润。
而其他地方的官员只能通过合法的、半合法的、不合法的增派与勒索来增加收入。所致很多北方的官员是想尽了办法要往南方去，而更多的外方的官员是通过许多手段要去江南。
虽然在崇祯初年，朝廷派遣冯铨与阮大铖到江南，收回了市舶司的一些权利。但是现在朝廷要完全收回市舶司的权利，变地方管辖为中央管辖。这样的话，就侵犯那些既得利益的官员，那些官员他能干吗？他们还不德想尽办法保住既得利益。
再说了，朝中的那些东林东林可是出身江南的，而这些东林比较喜欢空谈，结党，把事情交给东林，崇祯还真不放心。
在磕磕绊绊当中，管理市舶司的衙门在京成立。不过因为当时何如宠已经是礼部尚书，按照品级，所以市舶司的五品提举官是不合适，所以只能新成立一个适于何如宠品级的衙门。
最后众人商定，成立海关署理衙门，何如宠任海关署理衙门的主推举官，品级是二品。冯铨和阮大铖为副推举官。按照其资历，也被提升到从二品。当然，为了加强对浙江、福建与广东三个市舶司的监管，也避免冯铨和阮大铖在京里与东林生冲突，于是海关署理衙门在南京和广洲设立监管司，冯铨和阮大铖一个在南京，一个在广洲，他两就不用进京了，就近办差。
不过为了加强监管，也为了制约冯铨和阮大铖，朝廷规定：每年，浙江、福建与广东的市舶司主官，带着账目，在冯铨和阮大铖的率领下，到京城述职，其账目交由海关署理衙门和户部审核。
礼部尚书虽然说也是六部尚书之一，听起来很威风，不过职权比起吏部和兵部、刑部来说，还是差上那么一点。所以何如宠从礼部尚书出任海关署理衙门这么一个很有实权，皇上又这么重视的一个衙门的主官，在众人眼里，何如宠升官了。
既然何如宠高升了，那礼部尚书这个位置就空出来，于是众人开始推举礼部尚书的人选，就在大家热议礼部尚书的时候，漕运总督告老还乡。朝廷还要赶快任命新的漕运总督。
漕运总督，全称是“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”不仅管理着长达三千多华里的运河，还监管着凤阳、淮安、扬州、泸州四府以及徐州、和州和滁州三州，可谓是职权重大。
这个漕运总督可是个油水丰厚的差事，漕运总督驻地是江苏淮安府，淮安的兴起就是因为漕运，每年漕船到达这里后，需接受漕台衙门的盘查，上万艘粮船的船工水手、漕运官兵在此停留，南来北往的商人在此进行货物交易，旅客也在此盘桓，更加之在这里设常盈仓两处、常平仓两处、预备仓三处、庄仓五处。因此促成淮安城市的繁荣：“扬州千载繁华景，移在西湖嘴上头。”
好地方，好职位，于是很多人都想要漕运总督这个职位。东林想要安插自己的人，温体仁等反对派也想要，这就让内阁辅韩犷很难办。作为内阁辅，既要平衡好各方的利益，又要选拔对国家有用的人才。所以内阁辅不是什么人都能当的。
竞争这两个职位的官员很多。而这些官员也用尽了手段来仅仅和巴结内阁与吏部的官员。这让韩犷、刘鸿训、李标等非常难办，碍于人情世故，又不能对人家冷面相待，于是韩犷等人只能想尽办法避开这些求官、说情的人。
内阁经过商谈，推敲，最终决定由徐光启出任礼部尚书，而杨一鹏出任漕运总督。众人看打球哦由这两个人出缺后，也没有什么话好说。
徐光启是礼部侍郎，按照资历来说，他出任礼部尚书也是合情合理，再说徐光启为人很好，别人也挑不出徐光启什么大的毛病，而且徐光启的资历也够，最重要的是，皇帝陛下对徐光启的印象很好。
在众多朝臣的眼里，徐光启是因为上疏请求修订新历法，而且工作卓著，而被皇上重视，再说皇上对徐光启的恩宠那不是一般的好啊，否则皇上能同意让西洋人参与到修订历法的工作中。
而由杨一鹏出任漕运总督，被人也挑不出刺来。杨一鹏，万历三十八年进士，初在成都任职，当时播州（今贵州遵义一代）出现动乱，杨一鹏么哦有动用一兵一卒就有平息动乱；皇差在川敲诈，也是杨一鹏出面制止。
这两件事使得川人很信赖杨一鹏，杨一鹏因为这些事被朝廷擢升，出任吏部郎中，由于工作出色，继又升为大理寺丞。而皇上对杨一鹏的印象也是很好。
其实众人之所以不反对徐光启人礼部尚书，是因为徐光启的靠山是皇上。所以不会有人出来对徐光启担任礼部尚书来说三道四，那纯粹是没事找事。
而杨一鹏也是不好得罪的。杨一鹏在兵部任过职，而杨一鹏之所以能这么快的升官，也是和兵部尚书孙承宗的举荐是分不开，而杨一鹏与孙承宗的关系也很好。想要打击杨一鹏，说不定孙承宗就会出面来干涉。
孙承宗是什么人啊，兵部尚书，而且深受皇上信任，不仅掌管全国兵权，就连京营也在其的掌握中。还有关外的袁崇焕，那可是孙承宗的学生，也深受皇上的宠信。得罪了孙承宗，也就把袁崇焕。这两个人可不是省油的灯，的最他俩那是极端不明智的。
因为徐光启和杨一鹏，既有能力，其背景深厚，于是他两个人任命很快的就被批准下来了。徐光启出任礼部尚书、杨一鹏出任漕运总督，两人择日上任。