自从莽古尔泰受伤之后，皇太极被迫停止了对尊化的大规模的进攻太极知道，他率领的八旗军面队凭借坚固城池和使用先进大炮的明军，是没有什么好的攻城方法的。为了减少伤亡，他一方面命令各军严密监视尊化；另方面，他将八旗军分批的派到各地去劫掠物资。

而明朝方面，在蓟县失陷的第二天，十二月初十三日，孙承宗就率领三万京军出北京城，一路向通洲前行。孙承宗在傍晚十分，抵达通洲。孙承宗到达通洲后，他立即命令斥候探察通洲周围的情况。

在十二月初十五日，萨哈廉和武其纳决定回兵和皇太极。自从萨哈廉和武其纳于十二月初十二日攻陷蓟县后，直到初十五日撤离蓟县，萨哈廉和武其纳的数千骑兵纵横四方，前锋一度兵临通洲。在三天的时间里，萨哈廉和武其纳掳掠人口数万，金银、粮食等物资无数。

孙承宗在通洲休整一天之后，开始向蓟县进军，由于孙承宗所率领的明军携带了红夷火炮等重型火炮，所以行军度很慢。等孙承宗的前锋抵达蓟县的时候，只碰上了萨哈廉和武其纳的后军。

这些后军并没有与明军多作纠缠，只是和明军稍微一交锋后，就立即后撤，但是这次的战斗，明军伤亡数十人，而后金只是有数人受伤而已。孙承宗率领的大军紧赶慢赶，终于在下午抵达了蓟县。

蓟县被后金军队蹂躏三天后，终于回到了大明的手中。此刻映入孙承宗眼帘的是一座残破的城池，除了明军士兵以外，看不到一个居民，只有一些飞鸟在破损的城头，房屋和枯树上在怪叫。

孙承宗在原蓟县的县衙里召开了军事会议。虽然在早些时候，明军的前锋与后金后，后金军队退走。但是孙承宗知道，在这次战斗中，明军并没有占到什么便宜，而后金军队也没有败退，他们只是撤退而已

但是孙承宗手下的将领却是十分兴奋的，京军自从被重新整顿以后，京军的士兵待遇是最好的，武器用的只最先进的。当然，他们的训练是最艰苦的。因为后金扰边，京军一分而二，一部分驰援尊化，一部分协防京师。

被留在京师的京军十分的无奈，他们梦想到前线去建立功勋，好光耀门楣。这次他们跟随孙承宗出征，都憋足了劲，想要在战场上杀敌报国，再加上前锋击退后金士兵，收复蓟县，他们更是信心十足。

好在孙承宗对后金军队的实力比较清楚，所以他没有轻兵冒进，而是采取稳扎稳打的策略。即使在扎营的时候，孙承宗也向四处派出侦骑，探察四方情况，而军士也是兵不卸甲，随时的作好作战准备。

十六日，孙承宗率领大军开拔，向尊化进军。由于萨哈廉和武其纳掳掠人口数万，还有大量的金银、粮食等物资。所以他们的行军度也很慢。一路上，明军在后边追，后金军队往前边赶，但是两军后队与前锋之间总是相隔那么数十里地。

在十七日，萨哈廉和武其纳与皇太极会合，孙承宗率领的大军也在距离皇太极数十里之外的地方扎下大营。此时皇太极觉得情况有些危急了。虽然皇太极包围了尊化城，但是明军的援军也到了，而且萨哈廉和武其纳也带来一条重要消息，明朝政府在后金抵达尊化之前，已经派遣了一支数量庞大的援军。

皇太极再想，自己攻击尊化这么多天，尊化的城防已经岌岌可危，如果尊化城里有援兵，自己攻打尊化不会这么的顺利。皇太极是越想越觉得不对劲，他赶紧命令后金各军，做好撤退准备。

当然，皇太极为了掩盖撤退意图，他又命令正蓝旗和两红旗加紧骚扰明朝的援军，并且要他们做出一副要攻击的样子。

孙承宗扎下大营以后，孙承宗手下的将领就纷纷要求出战，他们企图凭借手中精锐的明军士兵，一鼓作气，和尊化城中的守军里应外合，一举击溃后金士兵。但是孙承宗拒绝了他们的提议，只是要求他们守好大营。

面对部下的请战要求，孙承宗只能连连苦笑，心说他们可真是初生牛犊不怕虎啊。自己就只有三万军队，人家皇太极是数十万的虎狼之师。再说，现在尊化是什么情况，孙承宗实在是没有把握。里应外合虽然是好主意，但是一旦我军不能击溃后金军队，尊化反而丢了。那自己的罪过可就大了。

孙承宗不得不考虑周全，自己的责任毕竟十分的重大。而在尊化城里，马世龙并不知道孙承宗已经率领明军来支援尊化了，并且孙承宗已经在距离尊化几十里的地方扎下了大营，马世龙在城楼上看到的只是漫山遍野的后金大营与后金士兵。否则说不定马世龙还真的让被他雪藏的京军出城去和后金拼命。

正蓝旗和两红旗接到皇太极的命令以后，虽然派了些士兵去骚扰明军大营，但是并没有真心执行皇太极的命令。面对正蓝旗和两红旗的骚扰，孙承宗只是命令诸军严守大营，不要理会敌军。

经过了一夜的准备，在十八日早，皇太极率领后金大军和掳掠的明朝居民和大量的粮食和金银等物资，徐徐后退，而正蓝旗和两红旗被皇太极留下，让他们阻挡明军，同时，为了统领正蓝旗和两红旗，德高望重的代善被皇太极留下来，指挥诸军。

后金的异动引起了明军的警觉，孙承宗和马世龙几乎同时察觉到了后金的异常行为。马世龙在城楼上看到皇太极的大军撤退时，作为老将他知道，援军可能到了。他急忙命令城中的京军做好出征准备，但是为了慎重期间，他又命令京军的将领，如果事情有诈，赶紧撤回来，与此同时，他也命令尊化守军做好接应准备。

当尊化城里的明军做好准备后，皇太极率领后金大军已经走远了了，留守的正蓝旗和两红旗也快要跑路了。马世龙命令打开尊化的西门，西门一开，数万明军蜂拥而出，呼喊着向正蓝旗和两红旗杀了过去。

代善虽说被皇太极所辖制，代善还是非常有武略的，虽然对皇太极的这种打击异己的行为很是不满，但是为了掩护后金的大部队，他还是率领正蓝旗和两红旗迎了上去。顿时间，两军混战在了一起。

孙承宗得到尊化明军和后金打起来的消息后，孙承宗当机立断，立刻率领全部的援军冲到战场上。等孙承宗率领军队到达战场后，明军已经和后金军队的战斗已经进入了白热化。面队后金军队的冲锋，明军是紧守阵脚，步兵一次次的挡住后金骑兵的冲锋，步兵后面的火枪在接连不断的射击。

孙承宗没有挥军直接加入战场，他先是命令炮队在后金军队的背后架好火炮。而孙承宗则命令步骑兵排好队型，准备加入战场。

跑队架好火炮之后，孙承宗一声令下，数十们门火炮一起怒吼，猛烈的轰击后金军队。代善和他是率领的正蓝旗和两红旗被孙承宗的炮火打蒙了，代善万万没有想到孙承宗率领的明军还携带着红夷大炮。

代善手中的兵力根本就不足，面队尊化城里杀出来的明军，他还能够应付，但是面队孙承宗的火炮，代善有些应付不过来了。明军前后两面夹击正蓝旗和两红旗，虽然正蓝旗和两红旗的士兵凶猛彪悍，但是面对着八、九万的明军士兵的英勇作战。他们有些挺不住了。

代善看到自己手下的士兵在明军的猛烈进攻之下，伤亡逐渐增加，并且自己的军队开始显露出了败象，代善在百般无奈之下，命令正蓝旗和两红旗突围，向皇太极率领的后金主力部队靠拢。