崇祯元年即天聪二年九月初三日，天聪汗皇太极决定亲率大军，征讨蒙古察哈尔部，初六日，皇太极统帅八旗大军从沈阳出，初八日，八旗军经都尔鼻（今辽宁彰武）地方，敖汉、奈曼、科尔沁、扎鲁特、喀尔咯、喀喇沁等蒙古诸部来会，随后，皇太极指挥后金、蒙古联军与察哈尔林丹汗部会战，察哈尔林丹汗部不敌，溃败逃走，皇太极指挥联军追击察哈尔林丹汗部直至大兴安岭地区
袁崇焕得到皇太极出兵的消息后，就命令关宁军严加戒备，并派出斥候打探八旗军的动向。当时正在修筑义洲城的祖大毕得到忠于明朝蒙古部落的消息，飞马奏报袁崇焕。袁崇焕得到消息后，筹集近一年的粮草运送到义洲城，并命令祖大毕加快修城度，并向朝廷出八百里加紧奏报。
而此时，朝廷正忙于考核各地官员，惩治贪腐官员。即湖广、山东后，朝廷又向云贵、两广和安徽下手了。新启用的傅宗龙为云贵总督兼贵州巡抚；钱士晋为云南巡抚，赋闲在家的杨贺为两广总督；因为得罪阉党赋闲在家的陈子壮为安徽总督。
不合常规的是，这些新任命的地方大员没有进京棉圣，而是直接到地方任职并配合内阁对当地官员的考核。就皇上以雷霆手段整束吏治，内阁、六部、御史台及督察院的官员是忙得不亦乐乎。成堆的卷宗，成群的说情者，令这些朝廷大员烦闷不已，但是皇命难为，没有办法，只能硬着头皮主持这次官员的考核。恰巧此时，袁崇焕的加紧奏章送到内阁，韩犷、钱龙锡，李标，刘鸿训等人已经几天没有睡过一个好觉了，一个个红着眼睛，在内阁值房开会。
韩犷先说道：各位，就袁大人的这份奏报，都有什么看法？
作为兵部尚书，又曾经在辽东担任过要职的孙承宗先表态支持，并且认为此举可以进一步改善辽东前线的双方态势，拓展了明朝在辽东的战略纵深，为以后收复广宁创造了条件。
钱龙锡，李标，刘鸿训，王祚远等认为此举可行，但问题是钱粮从何而来？这些年来，因为朝廷**，而且在辽东，明军兵败失地，为了支付辽东军饷，朝廷已经加派辽饷皇即位后，进行改革减轻赋税，展商业。户部好不容易才勉强维持开支，这笔钱怎么出？
韩犷、钱龙锡、李标、刘鸿训等没有什么好主意。加税肯定是不行的，挪用各地的军饷也是行不通的，实在只没有办法，孙承宗硬着头皮说：各位，不如请皇上动用内帑暂时支付，如何？
韩犷、钱龙锡、李标等大吃一惊，皇上即位之初，已经动用几百万两的内帑用于支付各地的粮饷，此时怎么还能奏请皇上动用内帑？
刘鸿训想了一想皇英明，初登大宝时，积蓄力量，等候时机，适时雷霆一击，铲除阉党，并且内帑以充军资，实乃不世明君。此奏章事关重大，我看孙大人此举可行。
刘鸿训明显支持孙承宗的意见，钱龙锡、李标、王祚远沉思片刻，也支持孙承宗的意见，韩犷看了看王永光、钱谦益、成基命。
王永光现在是无所谓了，大打定主意，查察过后，一定要辞职，荣华富贵虽好，但还要有命去享啊。春风得意的钱谦益并不想冒着得罪皇上的风险来支持袁崇焕，不过看着同僚都赞同，无奈，只得点点头；而成基命，从心理来说，是十分赞同的，不过历经宦海几十年的成基命来说，刚入内阁，还是小心为好。
袁崇焕的奏章和内阁的意见一起被送到了崇祯皇帝的御案之上。这几个月以来，崇祯也清闲，朝廷考核官员，陕西的叛乱，朝廷财政的吃紧，时刻困绕着他。最令人烦恼的是有些官员竟然贿赂国舅周奎和田宏遇，而周奎、田宏遇竟然说动周皇后和田贵妃，为那些失业的功勋贵族说情，并且还想干扰这次官员的考核。这让崇祯非常的愤怒。
崇祯虽然没有斥责皇后和贵妃，但对周皇后和田贵妃的态度明显的冷淡下来，崇祯皇帝感到，现在必须采取一些措施了。周奎、田宏遇可不是什么好人，借着国舅的身份胡作非为，崇祯早就想办他们不爽了，不过看在周皇后和田贵妃的面子上，也就睁一只眼，笔一只眼，再说现在事情太多，也没空搭理他们。不过这次他们触怒到了崇祯皇帝，并且让崇祯感到，再也不能放任这两位国舅了。随即崇祯便命令曹化醇严密监视两位国舅，并严令曹化醇，告诉紫禁城守门官员，不准他们进入宫门半步。
崇祯看到袁崇焕的奏章和内阁的意见后，不由苦笑，又要自己动用内帑？想想朝廷现在的状况，现在朝廷财政紧急，陕西要赈灾，还要剿灭起义军，辽东要打仗，各地官员要工资，军队要粮饷，现在实在是没钱啊。好吧，这笔钱还是我拿吧，不过，既然有的蒙古部落一边拿朝廷的抚赏，一边竟然帮后金，想两边讨好，哪有怎么便宜的事情？
崇祯皇帝当天就连下两道圣旨，第一道的主要内容是：准许袁崇焕修筑大、小凌河及右屯等诸城堡，并从内帑中支出近三百万两白银，移蓟镇三万余人到辽东，以充实辽东劳力及补充辽军。
第二道圣旨的主要内容是指责一些蒙古部落背信弃义，为后金效力，除一小部分的蒙古部落外，全面停止对蒙古的抚赏。崇祯的用意是要给这些两面派一些颜色看看，想两边讨好，不可能。这项措施，也缓解了朝廷财政的困难。
袁崇焕在递上奏章后，并没有消极等待，一方面他集合关外的民夫，征集粮食、草料，在圣旨还没有下达的情况下，就开始抢修大、小凌河及右屯等诸城堡，另一方面，命令辽军做好战斗准备。
圣旨下达后，袁崇焕立即任命祖大寿为前锋总兵官，率令关外八城民夫修筑大、小凌河及右屯等诸城堡，任命朱梅、何可纲为副将，协助祖大寿筑城。袁崇焕率领众军移住锦州，赵率教部被命令严守山海关。
皇太极亲征察哈尔大军于十月十五日回到沈阳，随即得到袁崇焕修筑大、小凌河及右屯等诸城堡的消息。皇太极暗叹一声，好快啊。
皇太极十分清楚，如果明朝修完大、小凌河及右屯等诸城堡，那前线势必推进到广宁，假以时日，广宁十有**回落入袁崇焕的手里，那对后金就大大的不妙了，不过此时后金刚刚经历过大战，军队必须要经过相当的一段时间修养，否则还会像宁锦大战一样，饮恨与袁崇焕之手。
皇太极永远也忘不了宁锦大战，天聪元年正月，皇太极以朝鲜使臣不恭为借口，命令阿敏率领八旗军进攻朝鲜，朝鲜军不敌，一直被八旗军打到平壤，朝鲜被迫与后金定下“兄弟之盟”。
阿敏率领八旗军凯旋回归后，皇太极企图趁八旗军锐气正胜，兵宁锦，一举荡平辽西，并为父汗努尔哈赤报仇。
于是在天聪元年即天启七年五月初六，皇太极亲自指挥两黄旗与两白旗，前锋直指锦州、宁远。十一日，皇太极率领六万八旗军将锦州团团包围。
从十一日到二十七日，后金军队连续征战十七天，期间皇太极攻城不克；以政治手段诱降，不降；诱其出城野战，不出；围城打援，不获。令皇太极十分的气恼。
二十八日，皇太极率军进攻宁远被袁崇焕打得灰头土脸，二十九日，皇太极无奈回师继续进攻锦州。至六月初六，仍不能攻克锦州，而八旗军损失惨重士气低落，皇太极怀着满腔的遗憾和愤怒，撤军回师。
不过这一回，皇太极学乖了，他并没有贸然的进攻明军。一方面是因为这次征讨察哈尔林丹汗部虽然取得了胜利，不过八旗军也受到了一些损失，在加上八旗军长途征伐，军队也十分的疲惫。
另一方面，宁远大战和宁锦大战让皇太极难以忘怀，宁远大战时，皇太极目睹了八旗历史上最为惨痛的一次失败，父汗努尔哈赤也因此郁郁而终；宁锦大战，皇太极被袁崇焕所率领的关宁军狠狠的教训了一顿，印象实在是深刻啊。所以，皇太极一方面命令八旗军加紧修养，并打造攻城器具；一方面命令斥候详细侦察锦州凌河和右屯等城堡的军力情况，为进攻大、小凌河及右屯等诸城堡，并肆机占领锦州、宁远作好军事准备。