虽然昭宗身旁的人已经全部换成了自己的人，但朱温还是不放心，特别是逢朱温将昭宗迁离工安之后，李茂贞、李克用、、王建、杨行密、刘仁恭等藩镇纷纷加以声讨，朱温见此情景更加害怕昭宗会与他们内外相联，便又想了一个歹毒异常的办法来解决这个问题。那就是杀死昭宗，另立新帝。
在这一年的闰四月，昭宗终于来到了洛阳，朱温便以部将朱友恭、氏叔琮分别为左右龙武统军，负现宿卫，并且其他的重要位置也换上了自己的人。
五月，昭宗在崇勋殿衣朱温及百官，等宴会完毕，又召朱温入便殿继续饮宴。可是朱温接到诏令这后左思右想不敢入内，害怕昭宗会在里面埋伏人害他。昭宗见朱温不进来，便又说道：“既然朱温不来，那可令敬翔进殿。”朱温一听此言，心中暗恨，因为敬翔乃是他身边最生要的人物，他怎么可能会让敬翔去以身试险，便把敬翔往旁边一推，低声叫他出殿，然后高声说道：“陛下，敬翔现在也已经醉了，也不能入殿侍奉陛下。”昭宗见此只得作罢。
不久之后朱温又回到了汴州，给在洛阳城的朱友恭与氏叔琮去了密令，令他们二人秘密杀掉昭宗，再立年公十三岁的辉王为帝。在这一年的八月，朱友恭等果真按照朱温所说的秘密杀死了昭宗，又假称皇太后手令，拥立辉王登基为帝。
朱温在汴州听到昭宗遇害的消息之后，还装作一副很吃惊的样子，并且伏地痛哭，哭得是死去活来，这一次他周围的将领都是心知肚明这件事明明就是朱温派人做的，但知道归知道，但假戏还得真做呀，也都跟着一起痛哭，劝说朱温不要太过伤心。
在十月十三日，朱温赶到了洛阳，又在昭宗的灵柩前痛哭不已，朝见完灵柩之后，还一本正经的去朝见新帝。为了杀人灭口，毁灭自己的罪证，朱温借故朱友恭与氏叔琮二人治军不整，所部士卒扰乱市肆，将友恭贬为崔州司户，叔琮被贬为白州司户。
接着都令其自尽。朱友恭在临死之前大骂朱温：“朱温你这个老贼，让我杀人的是他，可是杀掉我想灭口的也是他，他这是想杀掉我来堵住天下的人嘴呀！”可是不管怎么说，也没有人听到，因为朱温根本就不让他们二人再接见到外人了。
此时新帝年少，不通政事，所有的政务全部由朱温控制，朱温这才心满意足的返回了汴州。不过为了以防万一，在次年的二月，他又令人将昭宗诸子全部杀掉。在六月，朱温又将原朝中重臣三十余人押到了白马驿，杀掉之后全部投入了黄河的滚滚浊流之中。
朱温经过几年的经营，唐朝廷可以说已经完全成为了朱氏朝廷了，只剩下了一个名义上的李姓皇帝而已。不过即使这样，朱温仍是急不可待的要登基称帝，便命枢密使杨玄晖与宰相柳璨措置此事，但杨、柳二人虽然也倾心于朱温登基称帝，但他们总想让朱温按照传统习惯一步一步的地完成受禅和步骤，他们认为只有符合礼法才能名正言顺。
因此，准备按魏晋以来受禅的礼仪逐步进行。在公元9o6年的十月，朝廷下诏先授朱温天下兵马大元帅，下一步准备封朱温为魏王，然后再加九锡、受禅。到十一月，朝廷派邢部尚书裴迪为送官告使，向朱温送去了天下兵马大元帅的官告书。
倡朱温却根本不理这一套，反而怒气冲冲的将裴迪赶回了洛阳。宣徽使使王殷等人早就想取代杨、柳二人地位了，见到这个好机会焉会不把握的，便乘机向朱温说道：“主公，玄晖等人根本就不想让您登基称帝，人间想继续延续唐朝的香火，帮此才逗留主公登基的吉时的，并且想趁这段时间来等待形势的变化。”
朱温听了这段话之后未置可否。但是杨玄晖却得到了王殷在朱温耳边说他坏话的这件事，便亲自来到了汴州来求见朱温来解释。杨玄晖见到朱温之后，一副诚惶诚恐的样子说道：“主公，且莫听小人谗言，小臣有下情回禀！”
朱温根本就不听他的解释，怒斥道：“你们这些人不要再巧借闲事来阻止本镇登基了，即使本镇不受九锡，难道就不能作天子吗？”玄晖赶忙说道：“主公啊，现在外敌尚强，对咱们汴州虎视眈眈，倘若此时匆匆受禅，臣唯恐他们不服，所以为了主公的万世基业考虑，臣不得不遵循礼规呀！”
朱温喝斥道：“真是胡言乱语，本镇看你们这些狗才是真的想造反了。”
玄晖看朱温如此心急的想登基为帝，也不敢再多说了，便惶惶的奔回了洛阳，连忙与柳璨计议为朱温加九锡之事，准备加快受禅的脚步，但是他们还是摆脱不开那一套繁琐的程度。二十四日，以朱温为相国，次日封为梁王，加九锡。
不过朱温还是嫌太慢，拒不受封，并辞掉所加的九锡，所谓九锡，是古代皇帝为表示对某位大臣的尊崇所特别赐给的九种物品，主要有车马、衣服、乐则、朱户、弓矢、斧、纳陛、虎贲等物，自从西汉王莽那时候开始，加九锡就成为了大臣登基称帝前的例行公事。但朱温却不管这一些，对杨玄晖等人的行动还是十分的不满，不断地说：“太慢，太慢。”
杨、柳二人被逼无奈之下，只好在二月初玄晖再次来到了汴州了解朱温的意思，等了解的差不多了，回到了洛阳便立即找到了柳璨一道向小皇帝上奏：“陛下，现在天下民心都已经归了梁王，民心不可负，此正是陛下释去重负的时候。”其实这意思就是要小皇帝退位，把皇帝的宝座让出来给朱温坐，小皇帝当然不敢不恩准了，随即答允，马上就亲笔写了一份诏书，让柳璨把这个消息带到汴州。