市舶司总署筹备开海的同时，海军整编也在进行。当新的规定颁布下来时，东海的首领们也是几家欢乐几家愁。
林碧川归附李彦直后，心想自己靠了一棵大树，以后再不用怕被朝廷追着打了。就是遇到其它的海上豪强，如陈思盼、于七等，他也觉得自己的身份比这些人高了一等。和许多的海贼一样，林碧川一开始只是幻想着能尽量多地拿到好处，并没打算放弃自己的自由去接受官府的拘束。由于没有这种心理准备，所以林碧川很快就受到了沉重的心理打击。
松江府一带本是他的老家，崇明、小七岛都曾是他的巢穴，听说海军都督府衙门设在了上海，他想靠着李彦直，以后在这里就更能横冲直撞了，没想到实际的情况却是：李彦直一到上海就下了严命，所有水师兵将到上海后不得允许不许上岸，登陆必须进港，水手要进城入村必须申请同意，进入市集之后不许犯法，不许扰民，不许强买强卖，否则就按军法处置。
一群自由惯了的人，忽然被这么严厉的命令拘束住，大部分人都不习惯，林碧川也是。可是李彦直如今已是众望所归，别人要投靠他都烦恼没门路呢，林碧川要放纵乱来，又怕李彦直的严令，要反出海军都督府，却又哪里舍得？没办法，既有所得，必有所失，纵然不自由，也只好忍一忍了。
刚刚洗脚的海贼们觉得受了拘束，心中不乐，机兵们却觉得这些海贼出身的家伙缺乏纪律，虽然一时压住。但若不加以整顿的话，只怕迟早要闹出问题来。
“是时候整顿整顿他们了，都督。”张岳建议说。
在天津时，李彦直已对水师的力量进行了第一轮的整顿。不过当时并未深入触及到几个大首领的利益。从天津到上海的这段时间里，李彦直已将直系人马渗入到水师各部去，陆上又已站稳了脚跟，短期之内不用担心遭到南京方面的直接打击，因此李彦直也觉得对水师进行再次整编地时机成熟了。
也就在这时，林碧川却纠集了一批舶主、火长找到了李彦直反映意见，求他给水兵们松一松绑。不要管得他们那么严厉。李彦直一听不悦道：“不要管得那么严？什么意思？你们还想四处去劫掠不成？”
林碧川等讷讷无法应答，李彦直沉声道：“你们归附我也有几个月了，怎么到现在还犯糊涂？你们现在是兵了，还把自己当贼啊！人家改邪归正，哪个不得脱三层皮的？你们倒好，顺顺利利地就由贼变兵，心里却还惦记着做贼时的日子。哼，朝廷招抚你们，给你们饷银，是让你们保护老百姓的。不是雇你们来骚扰老百姓地，你们当初既有心走正道，心里就该有这个准备。若不想当兵而要做贼时。尽可学陈思盼、王直他们去。我这边，容不得三心二意、立志不坚的人。”
如今李都督军威好重，林碧川等听得汗水涔涔连下，李彦直又道：“你们今天来说这事，也好，我正有些事情要与你们说。就乘机一并谈了吧。”
原来他与张岳商议过后。也给水师定下了三条章程——鉴于海军都督府水师成分驳杂不纯地现状。李彦直决定将所有水师进行一次大整编。将籍贯、所属全部打散。再选精汰劣。也就是说。要将林碧川、洪迪珍、徐元亮等人地部署全面打乱。然后再从中挑选精锐。重建水师。至于众首脑则经过海军都督府考察之后任命为将。
这几部收招抚地部队。成员都是老于海战地水手。将之打乱之后重新整合。所需时间不多。很快就能重整成一支水上精兵。但他们地统领者所受到地冲击可就大了。
林碧川等吓了一跳。心中便冒出了一个念头：“姓李地要过河拆桥！他这样做分明是要夺我们地兵权！”
李彦直觑见他们地神色。似乎就猜到了他们要说什么。道：“你们是不是有什么意见？有地话当面说。不要背后搞鬼。”
但这等话。当面如何说得出来？李彦直见他们不说。就自己开口：“你们是不是觉得我要夺你们地兵权？”
林碧川等心想你都这么说了。就来个默认。李彦直眼睛从这些人脸上一一掠过。却冷笑道：“我就算现在是要夺你们地兵权。你们能奈我何？”一句话把这些人说得都无语。是啊。李彦直现在别说要夺他们兵权。就算是要杀了他们。他们只怕也没还手之力。
正当他们愤愤然之际，李彦直却又说道：“我现在就是过河拆桥，你们也没办法，不过你们放心，我不是那样的人。只是眼下你们各拥兵船，私味甚浓，作为来归之兵将，若不接受整编，那么咱们之间便永远都有宾主之分，永远都不是自己人，你们在我的麾下，只怕也会过得不舒坦。但要是接受了整编，以后咱们就是自己人，只要你们有能耐，又能守朝廷的规矩，将来少不了做一员世袭地将领，福荫子孙——这不却远胜于眼前的少许自由？所以我提出这件事情，不但是为大局着想，更是为你们考虑。”
他先敲打，然后才和颜悦色地说出这番道理来，便有一半的人都听进去并信服了，其他地人虽然心怀不满，觉得李彦直只是说好听话而已，可就如李彦直所说，事已至此，他们也没有其它办法了。
李彦直辨颜察色，知他们中间仍有少部分人不满，便说道：“我看你们中间，怕还有人不服却不敢言语吧？放心，我李三也不是无情无义的人，若你们实在不愿接受整编，那么我还有两条路给你们走。”
便有城府不深的舶主赶紧问：“哪两条？”却有谨慎的偷瞥了那舶主一眼心想：“那当然是死路啦，你这出头鸟要糟糕了。”
不料李彦直的回答却没那么糟糕：“你们要想既像海贼一般自由野蛮，又像当兵一样光明正大。那是不可能的。但你们若实在受不了水师章程地拘束，我还有两个选择给你们：第一，是转为海上武装商队，转为武装商队以后。考虑到你们以往的功劳，船引、货引我会从优配给，但你们就要自负盈亏，国家不会再养你们。眼下东海不太平，我许你们保有一定的武装，相应地，若有战事时。要听候海军都督府的有偿调遣。”
林碧川心道：“这个不错。”就问：“什么叫有偿调遣？本书转载ㄧбｋ文学网ｗαр．1⑥κ．сΝ”
李彦直笑了笑，说：“海军都督府调你们做事，不就耽误了你们的生意了嘛？所以会给你们发些补偿，这就叫有偿调遣。”
众将听了连连点头，都觉得这样做很公平，跟着又问还有一条路是什么。
“还有一条路嘛，就是继续做强盗去。”
众将听了面面相觑，都勉强挤出笑容说：“都督开玩笑了。”
“我不是开玩笑。”李彦直道：“咱们现在是拉开天窗说亮话——我知道你们中间有些人贼性难改，当兵受不了拘束，做生意又不在行。勉强留下你们当兵或者让你们去经商，那都是祸患。但咱们宾主一场，我也希望能好头好尾。所以你们若真当不了兵经不了商，我许你们成立私掠舰队，却不准在近海为祸百姓，否则我逮着一个杀一个，但你们要是给我远远跑到日本、南洋去，只要那些地方尚未奉我大明号令。那我也就管不着了。”
有一个獐头鼠目的火长问：“那么，假如我们去南洋抢了东西，还能回上海来吗？”
李彦直笑道：“可以啊，你们若抢到了钱财，回上海来风流快活也行，不过回到老家就要好好守规矩了，要不然地话，仍然法办。”这章程定下以后，他便挥手让众将回去好好考虑：“都给我回去想清楚。若要当兵。就要有能守纪律的决心。否则地话，就当海商或私掠者去。你们怎么选择我不管，但选定以后就再不许轻易更改了。去吧。”
他这么一说，就相当于通报了全军，哪用半日？徐元亮、洪迪珍便也都知道了，各自来问李彦直：“都督，对我们是否也要这样处理？”他们与李彦直更加亲密，所以敢来问这话。
李彦直却道：“我处事向来一视同仁。”徐、洪便回去商议，徐元亮道：“我做生意普普通通，反正在都督手下听命也不是第一次了，就留在水师当个将军吧。”
洪迪珍却顾念着自己地家产，他身家不小，又善于生息，再则想自己和李彦直是同乡，这些年来在各种场合又总拥护着他，做了商人以后李彦直应该还会眷顾自己，就决定还做个商人去。林碧川也选了做个商人。
自他们三人以下，其他的火长、舶主、水手也各有选择，最后还是有一大半地人决定留在海军都督府衙门当兵吃长粮，剩下的大部分都重新做了武装私商，并无人决定去做那没谱地私掠舰队。
两日之间，海军都督府衙门的兵员数量大减，不计后勤，只剩下两万二千余人，然而兵员精简之后，部队的精神面貌反见提升。而且人员裁剪以后，后勤也大见轻松——从天津出发到现在，海军都督府都是靠着积蓄过日子，至今尚未盈利呢。
洪迪珍转为商人以后心想：“眼下上海货物大聚，买家却都未到，王直、破山都在大员，不如我就买了货物，趁机前往日本，一定能大赚一笔。”他本身便有积蓄，这次去北京也得到了不少好处，便到市集上大肆购买生丝——李彦直自己也没料到，上海市舶司征收到的第一笔较大的关税，竟是从洪迪珍手中拿到。
做生意，就怕没发过市，发过市以后，有一就有二，有二就有三。洪迪珍开了个头以后，许多大小海商纷纷效仿，又有一批扬州的盐商看看行情好，竟动用了手上庞大的闲散资金，居中抢购货物，意在囤积居奇。有人买，有人卖，货如轮转，钱如水流，越转越流，市面就越景气。
大员海峡虽未打通，浙东尚未平定，佛郎机商人和回回商人尚未到来，上海的生意却已经进入了一个小阳春。
这段时间来浙东海面前来投靠的海贼海商不计其数，海军都督府的官吏也都只是羁縻着未给回复，这时也按照这三套章程来进行选汰，将其中能守纪律地悍勇之辈选入军中。至于那些没能选上的，李彦直便将他们编为私掠纵队，共编为五队，准备择日南下，先平浙东，再取鸡笼。
上海兵船尚未动，大海贼邓文俊就先来投降，李彦直嫌他贼性太重，不肯收他为水师，邓文俊也不太愿意受军法拘束，情愿作私掠舰队为前锋南下，只是求李彦直给他粮饷。李彦直便拨给了他一月之粮，算是买他所属的二十三座岛屿，又嘱咐他过大员海峡时不许侵扰两岸百姓，“若你过了吕宋之后仍然老实，那我就送一份满剌加以西、巴拉望以南地海图给你，再发你一个特赦令，许你的船队到任何港口停靠买粮。”