但是像董卓这样树大根深的人物不是简单的从**上消灭他就可以，还要考虑到他的党羽，所以必须要有严密的计划。而且吕布可不愿意做敢死队员，像伍孚那样拚得一死来行刺，他不但要行刺成功还要健健康康地活下来，还要好好地享受生活，所以如果王允的计划不能保证吕布全身而退，他是坚决不会出手的。其实王允的计划早就有了，只是这个时机很难掌握。因为董卓一直躲在他为自己修建的郿坞里，轻易不出门。当然了，如果吕布要杀他，即使在郿坞里也能得手，但吕布肯定也出不了城，所以他说什么也不同意在这里动手。不过也是董卓命该如此，老天很快就给了王允一个好机会。
初平三年四月，年幼的汉献帝大病初愈，按照礼制所有在朝的大臣都要前来祝贺，董卓当然也不例外。王允等人决定利用这个机会动手。
这天汉献帝大会群臣于未央殿，接受大家的祝贺，董卓也要出席。他的卫队从郿坞一直排到皇宫，三步一岗，五步一哨，卫兵们全副武装，荷枪实弹，“左步右骑”，吕布等心腹环卫左右。此时王允已经把这次行动报告给汉献帝了，不过献帝这时还是个孩子，帮不上什么忙。《后汉书》说士孙瑞自己写了份诏书交给吕布，这样就可以“奉诏讨贼”了。吕布命自己的同乡骑督尉李肃和其他心腹化装成宫门卫士在宫门前等候董卓。《九州春秋》说他的这些心腹是：秦谊、陈卫、李黑等人。
董卓的车子到了宫门前，拉车的马无缘无故地惊了，董卓觉得不对劲，就想退回去。吕布急忙上前，连忽悠带骗把他给忽悠进宫门了。随即宫门关闭，断绝了董卓与外面卫队的联系。董卓也没在意，有吕布这样的猛将在身边还有什么可怕的？就在这时，化装成宫门卫士的吕布心腹一拥而上，挺戟向前，有的刺董卓的座车，有的刺拉车的马，那个李肃最恨，对着董卓就是一戟。董卓下意识地用手臂一挡，他就怕别人行刺，平时一直身着重铠，这次也不例外。李肃这一戟没能刺穿，只是伤到他的胳膊，没有造成致命伤，但巨大的冲击力把董卓庞大的身躯直接撞出车外——看看李肃下手多黑！董卓急忙回头找吕布，嘴里还大叫着：“吕布何在？”其实吕布一直在他旁边冷眼旁观，之所以让李肃动手，大概是吕布不愿意背上手刃“其父”的恶名，可现在李肃一击不中，吕布只好亲自动手了。他高喊一声：“有诏讨贼！”挺身上前。董卓做梦也没想到吕布会来这么一手，他一听“有诏讨贼”这几个字就全明白了，大骂道：“庸狗！敢如是邪？！”
这是董卓留在世上的最后一句话，也可以看出他对吕布的真正印象：不但是狗，还是庸狗。他一直把吕布当作一条狗来养，让他看家护院，让他咬别人，自以为已经喂熟了，高兴的时候奖励块骨头，不高兴了就踢两脚，没想到这条狗今天终于反噬。
吕布当然不会让他说出更多的反动言论，当即上前“持矛”刺之，不是戟是矛。第一猛将就是第一猛将，一招制敌，董卓当场毙命，吕布这一下比李肃可是强多了！
董卓被杀的消息一传出来，“百姓歌舞于道”，长安城中“相庆者填满街肆”，看来董卓真是不得民心。朝廷一面安抚百姓，一面剿灭董卓余党，皇甫嵩奉命攻打郿坞，斩杀董卓家人，“尽灭其族”。
由于汉献帝年纪太小，王允开始辅政。他重赏了消灭董卓的有功之臣。吕布功劳最大，被封为“奋威将军”，假节，仪同三司，进爵为“温候”。这时吕布才成为吕温候，杀丁原使他成为都亭侯，杀董卓晋封为温候，吕布就这样用两个“义父”的人头换来了荣华富贵。杀丁原那次是纯粹的背叛，这次杀董卓虽然是为国除害，但他的出发点却没那么高尚，所以后人对他这两次“弑父”行为评价非常之差。就连曾极力与他结交的王允大人对他也很看不起，“素轻之”，也就把他看成是一个“剑客”，“以剑客遇之”。这与董卓的“养狗”理论差不多，《后汉书》的这段记载让人感觉王允有点过河拆桥。而吕布呢？自以为功劳太大而待遇太低，心怀不平，时间长了和王允也渐渐疏远了。但是从后来的事情看，吕布对王允还是够意思的。
当然这里面也有因为政治见解不同而产生的分歧。在消灭董卓后，从他的郿坞缴获了大量的钱财，吕布建议把这些钱分赐给公卿将校以及有功人员，但是王允没同意；在对待董卓余党的问题上，吕布主张赦免他们来换取国家的稳定，王允一开始表示同意，但随即又反悔，说啥也不肯签发赦令。不要以为吕布是简单的“肌肉男”，他并不是头大无脑，虽然他与曹操、诸葛亮等人比不了，但也比一般人强，不然后来怎么能成为一股割据势力？吕布最大的毛病在于他的“轻”，也就是史书评价的“轻于去就”、轻率的牛仔作风，他的谋略不弱，至少不是传说中的那样弱，在这两个问题上他的主张都是正确的。王允刚刚掌握实权，急须收买人心，把董卓的赃款分赐给大家是不花一分钱就能拉拢人心的好办法，可惜王允不能用；还有如果赦免了董卓余党，他们就不会狗急跳墙，反戈一击了。正是由于王允的强硬态度，才激起了李傕、郭汜等人的叛乱。
李傕、郭汜等人见赦免无望，在谋士贾诩的建议下反扑长安：左右也是一死，不如拼死一搏，也许还有生的可能。王允闻讯立即调兵镇压。按《后汉书》的说法，近来王允的脾气大了不少，在公共场合“每乏温润之色”，总是一脸严肃，时间长了“群下不甚附之”，大家都不愿依附他，也不愿为他效力，可他自己一点没觉得，没有改进。这回他派董卓旧将胡轸（就是前文被吕布下绊子那位）、徐荣（就是书友朽木沙加提到的伏击曹操的那位）前去镇压李傕、郭汜，对人家也没一点好脸子。
本来胡轸、徐荣和李傕、郭汜同是董卓旧部，就不太愿意接这差事，现在王允还这么不客气，这二位就有点不痛快。等到了前线，双方一开战，没多久徐荣就战死了。胡轸一想，我也别受这窝囊气了，干脆反水吧！于是率众投降，反过来领着李傕、郭汜杀奔长安。这一路上又汇合了董卓的其他旧部，声势浩大，很快就杀到了长安城下。
这时长安城中唯一能与叛军一战的就是吕布了，所以他率大军出城迎战。他从北门出来，正遇到郭汜所部，双方摆开战阵准备厮杀。就在这时，吕布单骑而出，挑战郭汜，提出大家应该像男人那样去战斗，要和郭汜单挑。