万寿节和春节过后，朝廷再次陷入繁忙之中，由于朝廷要成立新的衙门，所以吏部尤为的繁忙，吏部尚书成基命更是十分的苦恼，既要顾及人情世故，也要为朝廷选拔能干的官吏，在这两者之间找个平衡和不是一件容易的事情。
但是吏部就是干这个活的，成基命没有办法逃避，只能硬着头皮上，不过这个成基命也是一个人才，智商高，情商也高，成基命在吏部这几年混的也是风生水起，与内阁、同僚、部下的关系也很好。
再加上这几年吏部的历练，成基命处理这一类事情是驾轻就熟，游刃有余，但是毕竟这一回新成立的衙门口是管理宗教的，事关重大，不容有半点马虎，所以成基命时常来内阁，与内阁讨论这件事。
不过没等成基命与内阁讨论出来一个所以然，在一月中旬的时候，西南送来捷报，四川总督朱夔元与云贵总督傅宗龙终于平定了奢崇明、安邦彦的叛乱，朝廷终于有重新控制了西南地区。
奢崇明，彝族人。万历十四年袭职四川土司永宁(治所在今四川省叙永西南、辖境相当今叙永、筠连、古蔺等县地)宣抚使，与其子奢寅久有反明割据之心。天启元年，奢崇明自请调马、步兵2万援辽，随后派遣其婿樊龙、部党张彤等领兵至重庆。
天气元年九月十七日，奢崇明起兵杀死巡抚徐可求等军政官员2o余人，动叛乱，占据重庆，攻合江，破泸州，陷遵义(今属贵州省)，建国号“大梁”，设丞相、五府等官。尔后，奢崇明、奢寅率军数万分道向成都进，先后攻陷富顺、内江、资阳、简州(今四川简阳)、新都、龙泉(今四川成都市东南附近)。
奢崇明与天启元年十月十八日，包围成都。时成都守兵只有布政使朱燮元急调石柱宣慰司(治所在今四川石柱县)、龙安府(治所在今四川省平武县)等地官军入援，同巡按御史薛溥政等分门固守。明廷升朱燮元为四川巡抚，调派杨愈茂为四川总兵官，入川平叛。
就在朱夔元率领四川明军加紧围剿奢崇明的叛乱，并快要将其剿灭的时候，贵州水西土司安邦彦与入川平叛为由，于天启二年二月，率军2万至毕节(今属贵州省)，动叛乱，自称“罗甸大王”，在乌撒(今贵州威宁)土知府安效良的协助下，攻占毕节。
四川东川(今云南会泽)、云南沾益(今云南宣威)、贵州洪边(今贵州开阳县境)等地土官纷起响应。叛军先后分兵攻陷安顺、平坝、沾益、龙里、瓮安(今均属贵州省)、偏桥(今贵州省施秉县)、沅州(今湖南芷江县)、普安(今贵州盘县)、安南(今贵州晴隆)等地。
随即安邦彦率领叛军包围贵阳，并且声称破辰(辰州德)，下荆州，直抵中原。而当时由于四川叛乱，朝廷已经调走贵州大部兵马，贵阳兵力空虚，好在巡抚巡抚李橒、巡按御史史永安、提学佥事刘锡元等官员率领军民奋勇抵抗，才保贵阳不失。
奢崇明、安邦彦叛乱，朝廷只得再派遣湖广、云南、广西等地4万官军入黔。但是因为朝廷北方边患严重，朝廷中央派系斗争激烈，在加上奢崇明、安邦彦两处叛军联合行动，致使朝廷平叛行动极不顺利。
天启四年正月，新任巡抚王三善因粮草不济、再加之向明军诈降的陈其愚出卖，王三善所部兵马被叛军击败，王三善本人也被俘、遇害；天启五年正月，鲁钦等回师渡河，遭叛军袭击，士卒死亡人。
因为朝廷平叛行动极其不顺利，所以朝廷只好重新启用蔡复一，并任命傅宗龙巡按监军主持贵州军务。在经过蔡复一以及傅宗龙通力合作，奢崇明与安邦彦的叛乱终于得到了扼制。
但是朝廷并没有乘胜追击，使得安邦彦和奢崇明可以从容的退回到水西，后经两年多休养生息，蓄积力量，兵力展到1o万余人。到了崇祯元年，朝廷任命朱夔元和傅宗龙两人总督云广西军务。
朱夔元和傅宗龙两人通力合作，招流移，广开垦，恢复经济；据险要，立营垒，充实军伍；并且联合忠于朝廷的土司，比如秦良玉等土司。在经过一番整训之后，朱夔元和傅宗龙展开了对奢崇明、安邦彦的军事行动。
因为朝廷决定，对参与叛乱的土司采取“改土归流”的政策；对于忠于朝廷，帮助朝廷平叛的土司，采取暂时保留土司制度，并且大加封赏的政策，所以那些叛乱的土司负隅顽抗，使得朝廷平叛军队进展缓慢。
虽然叛军拼死抵抗，但是朝廷军队经过奋勇作战，先后在五峰山、桃红坝、鹅项岭，大败叛军，斩数万级，叛军主力基本被消灭，安邦彦、奢崇明先后败死。但是安位却率领叛军余部继续顽抗朝廷官军。
朱夔元、傅宗龙等继续率领官军继续围剿叛军余部。朱夔元、傅宗龙采取“四面迭攻，渐次荡涤”的作战方针，屯兵险要，四面包围，逐步压缩，绝其资储等措施，终于在崇祯五年正月，安位走投无路，向明军投降。
朝廷费时十余年、耗费巨额粮饷、调动了大量的主力部队，终于平定了西南的叛乱，在这次平叛中，朝廷消灭了西南的两大割据势力，并且在万历之后，再次实行大规模的“改土归流”。
虽然朝廷付出了巨大的代价，但是朝廷终于能够有一个稳固的大后方，而且朝廷也终于能够腾出一只手来，使得朝廷能够专心的对付北方的边患，再者，朝廷也能够更充足的时间来休养生息。
所以平定西南来说对朝廷意义重大，但是平定西南以后，因为“改土归流”的需要，朝廷需要选拔大量的官吏到西南去任职。不过根本没有几个官员，其实是压根就没有官员想要到西南实行“改土归流”的地方去任职。
究其原因，因为西南那块地方，打出明初的时候起，朝廷根本就无法直接控制那个地方，无论是明太祖皇帝还是明成祖皇帝，都无法使西南的土司屈服，所以朝廷无可奈何，只能对西南的这汇总状况睁一眼，闭一只眼。
即使朝廷在西南任命了一些“流官”，但是朝廷的政令根本出不了县城，到了县城的外边，朝廷的政令根本不管用，全凭当地的土司做主。至于说收缴赋税，那就拉倒了。
县城周围的那些少数民族的村子，看你这个官还不错，听爱民的，给你点面子，交点钱粮，至于说那些边远的村子，你还去收赋税，还没等你带人到村子，就让人家给你灭了。
这种情况到了万历皇帝实行“改土归流”之后，有所改变，但是并没有得到根本的改观，致使朝廷里根本没有官员愿意到西南去任职。当然，这种情况不能光算在“土司制廷的官员们也是有责任的。
要改变这种状况，先朝廷要选派得力官员，以往朝廷派往西南的官员，有很多一部分不懂得处理与少数民族的关系，造成当地官府与少数民族的关系紧张，还有一部分官员在当地作威作福。
所以这次朝廷派往西南的官员必须是德才兼备的，但是现在朝廷上哪找这么多德才兼备的官员，而且现在“热血青年”也少了，你想啊，刻苦读书几十年，步入仕途，谁不想去一个好地方稳稳当当的当官，有几个愿意去西南任职的。