皇太极既然已经决定撤兵，所以他就不会等到袁崇焕率领主力明军到来是再走，那样的话，就是想走也可能要走不了了，于是他立即传令，大军迅后撤，不过为了安全起见，防止明军追击，皇太极命令两黄旗断后。
皇太极的动作很快，等到一场和率领主力明军到达和黑山后，后金大军早就撤走了，留给袁崇焕只有一片废弃的营寨，不过为了安全起见，袁崇焕还是命令侦骑侦查四方军情，后金铁骑留给袁崇焕的印象太深了，再说，小心总是好的。
黑山守将赵率教、何可纲看到袁崇焕率领主力明军到来后，赶紧大开城门，迎接袁崇焕进城。袁崇焕进城后，命令一部军队休整，一部军队警戒，以防后金卷土重来，然后又命令后方的辎重部队赶紧运送一些粮草与弹药，以补充黑山守军所需。
忙完这些后，袁崇焕又聚集将领，开了一次军事会议。在会议上，赵率教、何可纲先介绍了黑山现在的状况，黑山守军与后金血战数十场，虽然有坚固的城墙与犀利的火器，但是还是损失惨重。
然后赵率教、何可纲有送上此次战役的阵亡与有功将士的名单，袁崇焕接到名单后，对赵率教、何可纲等黑山守将说，你们放心吧，本督帅不会让这些将士白白的牺牲的，本帅会如实像朝廷奏报。
随后，赵率教、何可纲又向袁崇焕引荐了从热河远道来支援的那支明军的将领，说热河钱士升派遣林远生将军等，率领两千余骑兵，前来支援督帅，其后赵率教又向袁崇焕通报了这支军队的战绩。
袁崇焕一听，恍然大悟，心说原来是怎么回事啊，还对亏了这支奇兵，否则胜负还难料啊，于是袁崇焕赶紧请林远生及其部将赶紧过来。因为林远生及其部将是热河钱士升的手下，不轨袁崇焕管辖，所以他们就没有参加会议。
不大一会儿，林远生带着他的四个蒙古副将，来到大堂，拜见袁崇焕，把钱士升写给袁崇焕的文书拿出来，呈递给袁崇焕，并向袁崇焕谢罪说，因为本将所率领的骑军迷路，所以未能和督帅的大军汇合，实在是罪过啊。
袁崇焕赶紧站起来，走过去，很是亲切的拉起林远生将军客气了，钱士升大人派遣尔等远道前来支援袁某，袁某是赶紧不禁啊，再说将军哪有罪过啊，实在是有大功啊，要不是将军，袁某可能就败了。
袁崇焕和林远生谈了一会儿后，就让林远生休息去了，因为林远生所率领的兵马毕竟是热河的，袁崇焕没有管辖他们的那个权利。将林远生送出大堂后，袁崇焕继续找来军事会议，讨论下一步该怎么走。
接下来是继续的追击后金大军，一直打到沈阳啊；还是不追了，就此结束这场战役。在会议上，大部京军将领主张继续追击后金大军，他们说现在我军连番大胜，士气如虹，正应当再接再厉，一鼓作气的歼灭后金主力，平定辽东。
辽军的将领听到这番话后，很是不以为然，辽军将领说，不错我军是连战连捷，但是我军并没有重创后金主力，后金主力好友很强的战斗力，而我军因为连番作战，不仅很疲劳，损失也很大，在追着后金打，情况很可能不容乐观。
京军的将领对对辽军的这种说法嗤之以鼻，认为辽军将领把后金看的太强大，而有些“畏战以京军将领反驳说，我军很疲劳，损失很大，；后金同样的很疲劳，损失同样的也很大，再加上后金此刻士气低落，正是我们一举击溃后金的好机会。
京军将领与辽军将领各执一词，谁也不让步，争论的异常激烈。不过袁崇焕、满贵、祖大寿等辽动高级官员并没有介入这场争论，他们在静静的思索，到底是率军继续前进，还是向朝廷奏报，说自己已经取得胜利，要班师回去。
就袁崇焕本人来说，他是十分希望继续追击后金主力，然后聚歼后金大军，一举平定辽东。但是袁崇焕明白，就凭借这现在手里的这十万多军队，想要一举消灭后金主力，那有些异想天开了。
袁崇焕知道，虽然自己所率领的明军接连击败后金大军，可是自己的损失也很大，尤其是前锋营的火枪手，已经伤亡殆尽了；而自己并没有重创后金主力，皇太极现在是主力尚存，颇具战斗力。
而且东出黑山、渡过东沙河后，那就是一片平原地区，这样的地形太有利于后金的骑军了，后金可以集结主力，纵横驰骋，随意的袭击我军。反观自己的军队，骑军很少，大不是步兵，而且携带有大量的火炮，行动很是不变。
袁崇焕想来想去，觉得没有必胜的把握，还十分有可能面临失败，而自己这十万多军队，可以说是现在朝廷最为精锐的部队了，要是外一有失，那自己就罪莫大焉了。所以袁崇焕决定，将显示情况与自己的想法奏报朝廷，等候朝廷最后的裁决。
大家吵来吵去，最后主将袁崇焕一锤定音，决定上疏朝廷。这一结果，让京军将领有些不满，不过主将袁崇焕已经作出决定，所以京军的将领最后还是服从袁崇焕的命令，加紧休整，严加戒备，暂不动兵。
袁崇焕写了两分奏章，一份是给朝廷的，一份是给崇祯皇帝的密折，写好后，袁崇焕命令驿卒以最快的度，送到京城。不过等了几天之后，没有等到朝廷的旨意，到是等到了皇太极派出的和谈使团。
皇太极在这场战斗中损失很大，所以皇太极一方面要恢复实力，一方面要为征伐蒙古察哈尔部做准备，皇太极知道，现在手中的实力还不足以推翻明朝，所以皇太极要增强实力，于是皇太极将目标锁定在蒙古察哈尔部上。
为了争取时间和稳住明朝，所以皇太极决定派出使团，到黑山，面见袁崇焕，要求与明朝和谈。袁崇焕接到皇太极派来使团议和的消息后，一想，也有些明白了皇太极为什么要和谈。
袁崇焕心说，你皇太极想要争取时间，可我袁崇焕何尝不需要时间以休整、训练部队啊。双方都需要时间，在加上受天朝大国，礼仪之邦这一影响，所以袁崇焕还是决定接待后金来使。
此次后金来的是老熟人，方吉那、稳台什。袁崇焕一看又是这两位，于是袁崇焕在黑山，说不上热情吧，还是很有礼貌的接待了这二位。方吉那、稳台什急于谈正事，所以在接风宴之后，双方就谈起了正事。
方吉那说：我们大汗，心胸宽广，英明神武，不愿看到因为双方交兵而使生灵涂炭，所以为了广大的百姓，很有诚意的相与大明皇朝和谈，双方止戈息武，友好往来，这是我们大汗写给袁崇焕将军与大明皇帝的信笺。
袁崇焕接到书信之后，并没有开启信封。稳台什接着说：在信笺的格式上，我们大汗为了照顾大明皇帝的尊严，特地将大明皇帝的尊号写位位，然后才是我们大汗的尊号，之后才是大明朝廷的诸臣。
方吉那说：您看，我们是很有诚意的，只要双方以东沙河为界，每年明朝方面们金银，我们就可以“进贡”貂皮、人参等辽东特产，并且我们大汗还承诺，只要明朝答应我们的这些条件，大汗绝不会兴兵犯明。